Johto é uma região que faz fronteira com Kanto. Foi apresentada nos jogos Gold, Silver e Crystal sendo também o destino de Ash no anime após seu triunfo na Liga Laranja. Os Pokémon iniciais dessa região são Chikorita, Totodile e Cyndaquil dados pelo Professor Elm que possui um laboratório na Cidade de New Bark.
New Bark (ワカバタウン - Wakaba Town)
É a cidade onde se inicia o jogo em Gold/Silver/Crystal e também onde se localiza o laboratório do Professor Elm. O primeiro local por qual Ash passou ao chegar em Johto foi New Bark onde ajudou a recuperar um Totodile roubado.
Cherrygrove (ヨシノシティ - Yoshino City)
Uma pequena cidade próxima a New Bark. Não possui um Ginásio Pokémon, sendo o local de rápida passagem de treinadores.
Violet (キキョウシティ- Kikyō City)
Local do primeiro Ginásio da região Johto. O Líder local é Falkner, especialista nos tipo voador. Outros pontos importantes da cidade são a Torre Brotinho (Sprout Tower) e uma escola Pokémon, locais visitados por Ash durante sua passagem pela cidade.
Vale Charicific (リザフィックバレー Lizafic Valley)
Localizado próximo a Violet, o vale Charicific é um local exclusivo do anime onde vivem diversos Charizard poderosos. Desejando se tornar mais forte o Charizard de Ash foi deixado no vale para treinar
Azalea (ヒワダタウン - Hiwada Town)
Cidade do segundo Ginásio da região de Johto, onde o líder é Bugsy, especialista em Pokémon inseto. Em Azalea também se localiza o poço dos Slowpoke que nos jogos foram capturados pela Equipe Rocket e o jogador deve salvá-los e ajudar Kurt, evento que também acontece no anime onde Ash e seus amigos salvam os Slowpoke de Jessie, James e Meowth com a ajuda de Kurt. Mais tarde Ash visita a casa de Kurt que fica com a BolaGS e entrega Pokébolas especiais para todos.
Floresta Ilex (ウバメのもり- Ubame Forest)
Floresta que liga Azalea e Goldenrod. Possui um templo em homenagem a Celebi o protetor da floresta.
Goldenrod (コガネシティ- Kogane City)
Uma das maiores cidades da região de Johto. A Líder do Ginásio é Whitney, especialista em Pokémon do tipo normal. Ash necessitou de duas batalhas para vencer a forte Miltank da Líder. A cidade também possui uma torre de rádio, onde Ash deu uma entrevista, uma estação de trem magnético que ainda estava em construção e uma grande loja de departamentos. Nos jogos ainda existem o Cassino, a loja de bicicletas, uma passagem subterrânea e uma loja de flores. Na tradução brasileira foi chamada algumas vezes de Cidade de Quinhão Dourado.
Parque Nacional (しぜんこうえん - Nature Park)
O parque é o local onde se realiza uma competição de caça a insetos. Ash participou dessa competição e venceu ao capturar um Beedrill que deu para sua amiga Casey. O prêmio da competição é uma Pedra do Sol.
Ecruteak (エンジュシティ- Enju City)
Ecruteak é a cidade onde se localiza o quarto Ginásio de Johto, onde o Líder é Morty, especialista em Pokémon fantasma. A cidade de Ecruteak esta conectada a diversas lendas como Ho-Oh, Suicune, Raikou e Entei. Um dos símbolos da cidade é a torre queimada onde, diz a lenda, já foi o lar de Ho-Oh.
Olivine (アサギシティ - Asagi City)
A cidade de Olivine se localiza próxima ao mar. A líder do Ginásio é Jasmine, especialista em Pokémon Metálico. Tanto nos jogos quanto no anime, ao passar por Olivine, Jasmine não pode lutar, pois precisa cuidar do Ampharos do farol que esta doente, levando então a Cianwood onde existe outro Ginásio e o remédio necessário para recuperar o Pokémon. Após trazer o remédio Jasmine pôde finalmente ser desafiada.
Cianwood (タンバシティ - Tanba City)
Cianwood se localiza depois do mar próximo a Olivine. O Ginásio local é comandado por Chuck, especialista em Pokémon lutador. No caminho para Cianwood se localizam as Ilhas dos Redemoinhos.
Ilhas dos Redemoinhos (うずまきじま - Whirlpool Islands)
Nos jogos as Ilhas dos Redemoinhos são apenas o local onde se encontra Lugia. Já no anime são várias ilhas onde ocorre inclusive um torneio Pokémon, chamado Copa dos Redemoinhos onde são utilizados Pokémon do tipo água. Durante a passagem pelas Ilhas dos Redemoinhos, Ash e Ritchie se uniram para salvar um Lugia e seu bebê da Equipe Rocket.
Mahogany (チョウジタウン- Chōji Town)
Em Mahogany se localiza o sétimo Ginásio deJohto, onde o especialista em Pokémon de gelo, Pryce, é o Líder. Nos jogos a Equipe Rocket possui um esconderijo em Mahogany.
Lago da Fúria (いかりのみずうみ Lake of Rage)
Lago localizado próximo a Mahogany onde vive o Gyarados Vermelho, fruto de uma experiência da Equipe Rocket. No anime Ash se juntou a Lance da Elite dos Quatro para impedir os planos dos Rockets e acalmar o Gyarados que acabou sendo capturado por Lance.
Blackthorn (フスベシティ- Fusube City)
Cidade onde fica o último ginásio de Johto. A líder e Clair, especialista nos tipo Dragão. O único caminho para chegar a Blackthorn é através da Caverna de Gelo. O episódio onde Ash e seus amigos atravessam a Caverna de Gelo foi banido devido a presença de Jynx.
Mt. Silver (シロガネやま - Shirogane Mountain)
O Mt. Silver ou Monte Prateado é o local onde fica o treinador mais forte dos jogos Gold/Silver/Crystal chamado Red, que pode ser desafiado após conseguir 16 insígnias. No anime o Monte Prateado é onde se localiza a Cidade de Prata local onde acontece a Liga Pokémon de Johto. Nos jogos a Liga Pokémon de Johto acontece no Planalto Índigo em Kanto.
